Аллели и гаплотипы доноров костного мозга, рекрутированных на территории Оренбургской области

   Цель исследования – изучить частоты встречаемости HLA-аллелей и пятилокусных гаплотипов у доноров гемопоэтических стволовых клеток – жителей Оренбургской области.

   Материал и методы. Проведено HLA-типирование 5529 доноров Оренбургской области Российской Федерации по технологии NGS в разрешении 2-поля по локусам HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1 и HLA-DQB1.

   Результаты и их обсуждение. Выявлены 74 аллели по локусу HLA-A, 108 – по локусу HLA-B, 68 – по локусу HLA-C, 65 – по локусу HLA-DRB1 и 37 – по локусу HLA-DQB1. Наиболее распространенными аллелями являются HLA-A*02:01 (25,85 %), HLA-A*03:01 (12,96 %), HLA-А*01:01 (11,66 %), HLA-В*07:02 (10,70 %), HLA-В*18:01 (7,40 %), HLA-В*08:01 (6,39 %), HLA-С*04:01 (13,22 %), HLA-С*07:02 (12,43 %), HLA-С*07:01 (11,70 %), HLA-DRB1*07:01 (13,75 %), HLA-DRB1*15:01 (10,93 %), HLA-DRB1*01:01 (10,55 %), HLA-DQB1*03:01 (21,23 %), HLA-DQB1*05:01 (13,23 %), HLA-DQB1*02:02 (11,02 %). Среди пятилокусных гаплотипов в изученной популяции наиболее часто встречается HLA-A*01:01~HLA-C*07:01~HLA-B*08:01~HLA-DRB1*03:01~HLA-DQB1*02:01 (3,66 %). Описано 26 новых аллелей.

   Заключение. Обследованная популяция доноров, рекрутированных в Оренбургской области, по распределению наиболее распространенных аллелей и гаплотипов имеет большое сходство с изученными популяциями европейской части России, однако большое количество выявленных редких и новых аллелей свидетельствует об актуальности дальнейшего исследования и рекрутирования доноров в этом регионе с целью увеличения генетического разнообразия Федерального регистра, что будет способствовать повышению вероятности подбора совместимого донора для любого пациента, нуждающегося в трансплантации гемопоэтических стволовых клеток.

1. Barcer D.J., Maccari G., Georgiou X., Cooper M.A, Flicek P., Robinson J., Marsh S.G.E. The IPD-IMGT/HLA Database. Nucleic Acids Res. 2023;51(D1):1053–1060. doi: 10.1093/nar/gkac1011

2. Jöris M.M., Lankester A.C., Borne P.V., Kuball J., Bierings M., Cornelissen J.J., Groenendijk-Sijnke M.E., Holt B., Haasnoot G.W., Zanden H.G., … Oudshoorn M. The impact of frequent HLA haplotypes in high linkage disequilibrium on donor search and clinical outcome after unrelated haematopoietic SCT. Bone Marrow Transplantat. 2013;48(4):483–490. doi: 10.1038/bmt.2012.189

3. Petersdorf E.W., Malkki M., Gooley T.A., Martin P.J., Guo Z. MHC haplotype matching for unrelated hematopoietic cell transplantation. PLoS Med. 2007;4(1):e8. doi: 10.1371/journal.pmed.0040008

4. Sacchi N., Castagnetta M., Miotti V., Garbarino L., Gallina A. High-resolution analysis of the HLA-A, -B, -C and -DRB1 alleles and national and regional haplotype frequencies based on 120 926 volunteers from the Italian Bone Marrow Donor Registry. HLA. 2019;94(3):285–295. doi: 10.1111/tan.13613

5. Schmidt A.H., Solloch U.V., Pingel J., Sauter J., Böhme I., Cereb N., Dubicka K., Schumacher S., Wachowiak J., Ehninger G. Regional HLA differences in Poland and their effect on stem cell donor registry planning. PLOS One. 2013;9(9):1–10. doi: 10.1371/journal.pone.0073835

6. Petersdorf E.W., Malkki M., Horowitz M.M., Spellman S.R., Haagenson M.D., Wang T. Mapping MHC haplotype effects in unrelated donor hematopoietic cell transplantation. Blood. 2013;121(10):1896–1905. doi: 10.1182/blood-2012-11-465161

7. Gonzalez-Galarza F.F., Takeshita L.Y., Santos E.J., Kempson F., Maia M.H., da Silva A.L., Teles e Silva A.L., Ghattaoraya G.S., Alfirevic A., Jones A.R, Middleton D. Allele frequency net 2015 update: new features for HLA epitopes, KIR and disease and HLA adverse drug reaction associations. Nucleic Acids Research. 2015;43:784–788. doi: 10.1093/nar/gku1166

8. The Allele Frequency Net Database. Available at: http://www.allelefrequencies.net/

9. Макаренко О.А., Алянский А.Л., Иванова Н.Е., Кучер М.А., Бабенко Е.В., Эстрина М.А., Певцов Д.Э., Головачева А.А., Кузьмич Е.В., Афанасьев Б.В. Эффективность поиска неродственного донора гемопоэтических стволовых клеток с помощью российской поисковой системы Bone Marrow Donor Search: опыт НИИ детской онкологии, гематологии и трансплантологии им. Р.М. Горбачевой. Клин. онкогематол. 2017;10(1):39–44. doi: 10.21320/2500-2139-2017-10-1-39-44

10. Логинова М.А., Малышева Н.А., Минаева Н.В., Парамонов И.В. Оценка эффективности деятельности регистра потенциальных доноров гемопоэтических стволовых клеток. Гематол. и трансфузиол. 2020;65(3):291–298. doi: 10.35754/0234-5730-2020-65-3-291-298

11. Бубнова Л.Н., Кузьмич Е.В., Павлова И.Е., Беляева Е.В., Терентьева М.А. Сравнительный анализ иммуногенетических характеристик потенциальных доноров гемопоэтических стволовых клеток регистров двух российских мегаполисов. Мед. иммунол. 2022;24(5):1047–1056. doi: 10.15789/1563-0625-CAO-2539

12. Бубнова Л.Н, Павлова И.Е., Беркос А.С., Моисеева Л.М., Ерохина Л.В., Бакай В.В., Беляева Е.В., Глазанова Т.В., Розанова О.Е., Чубукина Ж.В., Рыжевнина Ю.Е., Чечеткин А.В. Иммуногенетическая характеристика доноров гемопоэтических стволовых клеток Cеверо-Западного региона России. Вестн. гематол. 2016;11(2):11–12.

13. Трусова Л.М., Ключников Д.Ю., Вавилов М.Н., Суслова Т.А., Тюмина О.В. Частота встречаемости HLA-аллелей и гаплотипов у русского населения Самарской и Челябинской областей. Вестн. гематол. 2018;14(2):47.

14. Дудина Ю.И., Логинова М.А., Смирнова Д.Н., Обухов И.П., Махова О.А., Морозова Н.А., Парамонов И.В. Оценка иммуногенетических особенностей доноров, проживающих на территории Кировской области. Актуальные вопросы трансфузиологии и онкогематологии : сб. тр. конф., Киров, 7–8 ноября 2024 года. Киров: О-Краткое, 2024. С. 5–18.

15. Логинова М.А., Смирнова Д.Н., Кутявина С.С., Махова О.А., Парамонов И.В., Татаева З.М., Танкаева Х.С., Кабардиева А.И. Особенности распределения HLA-аллелей и HLA-гаплотипов у жителей Северного Кавказа. Трансфузиология. 2020;21(1):57–67.

16. Абдрахимова А.Р., Леонов Е.А., Хамаганова Е.Г. HLA-гены и гаплотипы у башкир-доноров гемопоэтических стволовых клеток регистра ФГБУ «НМИЦ гематологии» Минздрава России, типированных методом NGS. Вестн. гематол. 2019;15(4):28.

17. Географическое положение. Оренбургская область. Режим доступа: clck.ru/3M768z

18. Чибилев А.А. Природа Оренбургской области (Часть I. Физико-географический и историко-географический очерк). Оренбург, 1995. 76 с.

19. Национальный состав населения Оренбургской области по результатам Всероссийской переписи населения 2020 года. Режим доступа: clck.ru/3M76CF

20. Robinson J., Barker D.J., Georgiou X., Cooper M.A., Flicer P., Marsh S.G.E. IPD-IMGT/HLA Database. Nucleic Acids Research. 2020;48(D1):948–955. doi: 10.1093/nar/gkz950

21. Marsh S.G.E, Albert E.D., Bodmer W.F., Bontrop R.E., Dupont B., Erlich H.A, Fernández-Viña M., Geraghty D.E., Holdsworth R., Hurley C.K., … Trowsdale J. Nomenclature for factors of the HLA system. Tissue Antigens. 2010;75(4):291–455. doi: 10.1111/j.1399-0039.2010.01466.x

22. Sanchez-Mazas A., Nunes J.M., Middleton D., Sauter J., Buhler S., McCabe A., Hofmann J., Baier D.M., Schmidt A.H., Nicoloso G., … Fleischhauer K. Common and Well-documented HLA alleles over all of Europe and within European sub-regions: a catalogue from European Federation of Immunogenetics. HLA. 2017;89(2):104–113. doi: 10.1111/tan.12956

23. Allele Frequency Net Database. Available at: http://www.allelefrequencies.net

24. Evseeva I., Spurkland A., Thorsby E., Smerdel A., Tranebjaerg L., Boldyreva M., Groudakova E., Gouskova I., Alexeev L.L. HLA profile of three ethnic groups living in the North-Western region of Russia. Tissue Antigens. 2002;59(1):38–43. doi: 10.1034/j.1399-0039.2002.590107.x

25. Arnaiz-Villena A., Martinez-Laso J., Moscoso J., Livshits G., Zamora J., Gomez-Casado E., Silvera-Redondo C., Melvin K., Crawford M.H. HLA alleles of Chuvash from European Russia: admixture of Central European and Mediterranean populations. Human. Biology. 2003;75(3):375–392. doi: 10.1353/hub.2003.0040

26. Martinez-Laso J., Sartakova M., Allende L., Konenkov V., Moscoso J., Silvera-Redondo C., Pacho A., Trapaga J., Gomez-Casado E., Arnaiz-Villena A. HLA molecular markers in Tuvinians: a population with both Oriental and Caucasoid characteristics. Ann. Hum. Genet. 2001;65(Pt 3):245–261. doi: 10.1017/S0003480001008624

27. Smirnova D., Loginova M., Druzhinina S., Paramonov I., Abramova A., Simakova T. Distributions of HLA-A, -B, -C, -DRB1 and -DQB1 alleles typed by next generation sequencing in russian volunteer donors. HLA. 2023;101(6):623–633. doi: 10.1111/tan.15007

28. Cano P., Klitz W., Mask S.J., Maiers M., Marsh S.G., Noreen H., Reed E.F., Senitzer D., Setterholm M., Smith A., Fernández-Viña M. Common and well-documented HLA alleles: report of the Ad-Hoc commit-tee of the american society for histocompatibility and immunogenetics. Hum. Immunol. 2007;68(5):392–417. doi: 10.1016/j.humimm.2007.01.014

29. He Y., Li J., Mao W., Zhang D., Liu M., Shan X., Zhang B., Zhu C., Shen J., Deng Z, … Du D. HLA common and well-documented alleles in China. HLA 2018;92 (4):199–205. doi: 10.1111/tan.13358

30. Hurley C.K., Kempenich J., Wadsworth K., Sauter J., Hofmann J.A., Schefzyk D., Schmidt A.H., Galarza P., Cardozo M.B.R., Dudkiewicz M., … Dehn J. Common, intermediate and well-documented HLA alleles in world populations: CIWD version 3.0.0. HLA. 2020;95(6):516–531. doi: 10.1111/tan.13811

31. Mack S.J., Cano P., Hollenbach J.A., He J., Hurley C.K., Middleton D., Moraes M.E., Pereira S.E., Kempenich J.H., Reed E.F., … Fernandez-Vina M. Common and well-documented HLA alleles: 2012 update to the CWD catalogue. Tissue Antigens. 2013;81(4):194–203. doi: 10.1111/tan.12093