Изменение паттерна метилирования гена MIR-143 в опухолевой ткани диффузной В-крупноклеточной лимфомы

Изучение статуса метилирования ДНК при злокачественных лимфомах представляет собой новую область исследований в онкогематологии. Целью настоящего исследования послужила количественная оценка уровня метилирования гена MIR-143 в опухолевой ткани пациентов с диффузной В-крупноклеточной лимфомой (ДВККЛ). Материал и методы. В исследование включены 81 опухолевый образец ДВККЛ (26 герминального и 55 негерминального происхождения) и 11 биоптатов реактивных лимфоузлов. Для количественной оценки метилирования гена MIR-143 использовался метод прямого бисульфитного секвенирования по Сенгеру с расчетом среднего уровня метилирования анализируемых CpG-сайтов. Результаты. Средний уровень метилирования MIR-143 в опухолевых образцах был существенно ниже значений в реактивных лимфоузлах (соответственно 64,43 ± 19,92 и 76,27 ± 4,92 %, p = 0,049), не зависел от иммуногистохимического подтипа опухоли и демонстрировал больший разброс значений. В образцах лимфомы имело место преимущественное гипометилирование одного из четырех анализируемых CрG-динуклеотидов в границах анализируемого фрагмента. Заключение. Получены данные об изменении паттерна метилирования гена MIR-143 в опухолевой ткани ДВККЛ. Требуются дальнейшие исследования, направленные на уточнения механизмов эпигенетической регуляции экспрессии MIR-143 в лимфомных клетках, и идентификация ее м-РНК мишеней для прояснения роли данной микроРНК в патогенезе ДВККЛ.

1. Кабанов И.Н., Тищенко Л.И. Изменение метилирования ДНК повторяющихся последовательностей и однокопийных генов при онкологических и некоторых других заболеваниях человека. Вестн. СПбГУ. 2014;3(3):62–83.

2. Loginov V.I., Burdennyy A.M., Pronina I.V., Filippova E.A., Kazubskaya T.P., Braga E.A. The role of promoter DNA methylation of six cancer-associated miRNA genes in ovarian cancer development and progression. Biotecnol. Apl. 2016;33(3):3211–3215.

3. Piletič K., Kunej T. MicroRNA epigenetic signatures in human disease. Arch. Toxicol. 2016;90(10):2405–2419. doi: 10.1007/s00204-0161815-7

4. Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Березина О.В., Чуркина М.И., Гуражева А.А., Максимов В.Н. Метилирование генов р53-респонзивных онкосупрессорных микроРНК при гемобластозах. Сиб. онкол. ж. 2022;21(2):130–142. doi: 10.21294/1814-4861-2022-21-2-130-142

5. Voropaeva E.N., Pospelova T.I., Orlov Y.L., Churkina M.I., Berezina O.V., Gurazheva A.A., Ageeva T.A., Seregina O.B., Maksimov V.N. The methylation of the p53 targets the genes MIR-203, MIR-129-2, MIR34A and MIR-34B/C in the tumor tissue of diffuse large B-cell lymphoma. Genes (Basel). 2022;13(8):1401. doi: 10.3390/genes13081401

6. Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Чуркина М.И., Гуражева А.А., Воевода М.И., Максимов В.Н. Комплексный анализ метилирования генов р53-респонзивных микроРНК и мутаций гена ТР53 при диффузной В-крупноклеточной лимфоме. Мед. генет. 2022;21(11):62–66. doi: 10.25557/20737998.2022.11.62-66

7. Akao Y., Nakagawa Y., Kitade Y., Kinoshita T., Naoe T. Downregulation of microRNAs-143 and -145 in B-cell malignancies. Cancer Sci. 2007;98(12):1914– 1920. doi: 10.1111/j.1349-7006.2007.00618.x

8. Roehle A., Hoefig K.P., Repsilber D., Thorns C., Ziepert M., Wesche K.O., Thiere M., Loeffler M., Klapper W., Pfreundschuh M., … Feller A.C. MicroRNA signatures characterize diffuse large B-cell lymphomas and follicular lymphomas. Br. J. Haematol. 2008;142(5):732–744. doi: 10.1111/j.13652141.2008.07237.x

9. Chen W., Lang Z., Ren C., Yang P., Zhang B. MiR-143 acts as a novel Big mitogen activated protein kinase 1 suppressor and may inhibit invasion of glioma. Oncol. Rep. 2019;42(3):1194–1204. doi: 10.3892/or.2019.7218

10. Dou L., Zheng D., Li J., Li Y., Gao L., Wang L., Yu L. Methylation-mediated repression of microRNA-143 enhances MLL-AF4 oncogene expression. Oncogene. 2012;31(4):507–517. doi: 10.1038/onc.2011.248

11. Jiang M., Zhang Y., Fei J., Chang X., Fan W., Qian X., Zhang T., Lu D. Rapid quantification of DNA methylation by measuring relative peak heights in direct bisulfite-PCR sequencing traces. Lab. Invest. 2010;90(2):282–290. doi: 10.1038/labinvest.2009.132

12. Drosou V., Kapazoglou A., Letsiou S., Tsaftaris A.S., Argiriou A. Drought induces variation in the DNA methylation status of the barley HvDME promoter. J. Plant. Res. 2021;134(6):1351–1362. doi: 10.1007/s10265-021-01342-z

13. Grunau C., Clark S.J., Rosenthal A. Bisulfite genomic sequencing: systematic investigation of critical experimental parameters. Nucleic Acids Res. 2001;29(13):E65–5. doi: 10.1093/nar/29.13.e65

14. Lawrie C.H., Chi J., Taylor S., Tramonti D., Ballabio E., Palazzo S., Saunders N.J., Pezzella F., Boultwood J., Wainscoat J.S., Hatton C.S.R. Expression of microRNAs in diffuse large B cell lymphoma is associated with immunophenotype, survival and transformation from follicular lymphoma. J. Cell. Mol. Med. 2009;13(7):1248–1260. doi: 10.1111/j.15824934.2008.00628.x

15. Kent O.A., McCall M.N., Cornish T.C., Halushka M.K. Lessons from miR-143/145: the importance of cell-type localization of miRNAs. Nucleic Acids Research. 2014;42(12):7528–7538. doi: 10.1093/nar/gku461

16. Song Y., van den Berg P.R., Markoulaki S., Soldner F., Dall’Agnese A., Henninger J.E., Drotar J., Rosenau N., Cohen M.A., Young R.A., … Jaenisch R. Dynamic enhancer DNA methylation as basis for transcriptional and cellular heterogeneity of ESCs. Mol. Cell. 2019;75(5):905–920.e6. doi: 10.1016/j.molcel.2019.06.045

17. Lozada-Delgado E.L., Grafals-Ruiz N., Miranda-Román M.A., Santana-Rivera Y., Valiyeva F., Rivera-Díaz M., Marcos-Martínez M.J., Vivas-Mejía P.E. Targeting MicroRNA-143 leads to inhibition of glioblastoma tumor progression. Cancers (Basel). 2018;10(10):382. doi: 10.3390/cancers10100382

18. Yoon S., Choi E.H., Park S.J., Kim K.P. α-Kleisin subunit of cohesin preserves the genome integrity of embryonic stem cells. BMB Rep. 2023;56(2):108–113. doi: 10.5483/BMBRep.2022-0106