Молекулярный докинг в исследовании взаимосвязи субъединицы B холеротоксина с компонентами липидных рафтов

Аннотация

   Целью настоящего исследования явилось прогнозирование с применением молекулярного докинга образования комплексов субъединицы В холеротоксина (СТВ) с компонентами липидных рафтов – ганглиозиды GM1 и GM3, лактозилцерамид (LacCer), холестерин.

   Материал и методы. В работе использовались моделирование трехмерной структуры комплекса «липидные рафты–СТВ» с получением информации о координатах и энергии связывания лигандов, анализ аминокислотных последовательностей D цепи СТВ, молекулярный докинг.

   Результаты. С помощью метода молекулярного докинга получены трехмерные структуры комплексов. Предложена топология лигандов GM1, GM3 и холестерина в молекулярной полости D цепи СТВ. Показано, что конформации CTB с лигандами GM1, GM3 и холестерина имеют отрицательную энергию связывания, свидетельствующую о возможности образования устойчивых комплексов. Исключением стал LacCer, который из-за своих химических особенностей, связанных с образованием нестабильных конформеров, не может быть исследован методом докинга.

   Заключение. Предложенные алгоритмы создают научную основу для решения важных прикладных задач биоинформатики и фармакологии по изучению патогенеза заболеваний, связанных с дисфункцией липидных рафтов, и их лечения.